Ông đổi tên thành Hoàng Hữu Nam.

Tháng 01 năm 1946, Hoàng Hữu Nam được Mặt trận Việt Minh tỉnh Quảng Nam giới thiệu ra ứng cử và trúng vào Quốc hội khóa đầu tiên nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.

Tháng 3 năm 1946, Chính phủ Liên hiệp kháng chiến được thành lập. Với chính sách đại đoàn kết dân tộc, nhiều nhân sĩ, trí thức danh tiếng được mời tham gia vào trong Chính phủ. Cụ Huỳnh Thúc Kháng người Quảng Nam giữ chức Bộ trưởng Bộ Nội vụ. Để có người trực tiếp giúp cụ Huỳnh trong mọi công việc quan trọng, ông tiếp tục được cử làm Thứ trưởng Bộ Nội vụ.

Năm 1946 ông được giao thêm nhiệm vụ Trưởng ban Liên kiểm Việt Pháp. Trong thời gian này ông đã tham gia nhiều quyết định quan trọng của Trung ương để bảo vệ chính quyền còn non trẻ trước tình hình phức tạp lúc bấy giờ.[1] Ngày 13/8/1946 ông được cử làm Đặc phái viên Quân ủy hội.[2] Ngày 24/9/1946 ông là Chính trị viên Quân đội Tiếp phòng Việt Nam[3] (Tổng chỉ huy là Lê Thiết Hùng). Ngày 7/11/1946 ông được cử làm Trưởng đoàn Việt Nam trong Ủy ban Binh bị Việt-Pháp để thi hành bản Tạm ước Việt - Pháp ngày 14 tháng 9 năm 1946.[4]

Khi mặt trận Hà Nội vỡ, ông cùng Chính phủ rút lên Chiến khu Việt Bắc và tiếp tục công tác trong Hội đồng Chính phủ. Ông là người lãnh đạo ưu tú của ngành Công an và là người cộng tác đắc lực cho Chủ tịch Hồ Chí Minh.